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在地球人丝毫未察觉的情况下，艾克斯与普罗士族联合将日戈尔的部队堵截在火星附近，在日戈尔领悟的变态奥义“念”系列技能的攻击下，母体负重伤逃跑。
母体没想到自己进化了四亿年居然也会败，这可以说是因为对自己太自负的缘故，但同时它也很高兴，自己已完全纪录下了对方的攻击，只要能躲过对方的追击，便能高级进化……
艾克斯知道若让对方有机会再生会有什么后果，开始与普罗士族一起搜索着整个太阳系，当然他们曾把目标集中在地球，但通过探查，地球并无异常……
可艾克斯与普罗士都错了……
第53区……
没错，又是这个机构。
不过，这次53区没这么幸运了，这次的母体级日戈尔可不像当时的艾克斯那么温顺，53区的人们给了母体安全的再生时间与空间……
艾克斯发现时以晚了，日戈尔生物充斥了整个地球，人类灭绝，艾克斯只救出了九个人，他们就是现在的守望者——主神！
“救世主”号的战争机器全面运转起来，各种高科技武器与日戈尔混战在一起，艾克斯将“救世主”号的控制代理权交给原中华人民共和国陆军上将陈少华，自己与母体展开了超人的战斗……（见序章）
与母体同归于尽的瞬间，艾克斯吸收了母体的记忆，发现了一个可怕的事实——这个母体并不是母体本身，而是克隆体。
真正的母体一定是故意的，它让这个克隆母体认为自己就是真正的母体，在潜意识里使它来到了地球，让它作为试验体，真正的母体一定是意识到了，在遥远宇宙的那边，有一个自己还无法确定能否战胜的对手……
真正的母体也一定和这只克隆母体建立了心灵连结的，只是克隆母体本身并不知道，而克隆母体毁灭的瞬间，真正的母体一定感觉到了……
它一定会来的……来地球……
若自己已不在了的话，相信没人能阻挡它……
“不行……我必须活下去……”本已打算就这样与母体一起消失的艾克斯发现母体并未消失，强烈的求生欲望使身体发生了变化。
当时艾克斯的“无间之念”在三十秒内制造了上千万次的强烈核爆，艾克斯与窟窿母体的没个细胞都受到了严重损害，在这种情况下，本来即使是日戈尔也无法活下来，但此时艾克斯的强烈求生欲望激发了身体的潜能，艾克斯身体的几部分碎片集中到一起，将各自受损细胞中的完好部分分离出来，组合在一起，终于恢复了一个完整的细胞。
但即使这样，这次的损伤实在是太大了，艾克斯第一次无法自动再生，除非吸收一定的营养素。
已坠入地球的艾克斯的碎片本能的意识到，照这样等下去是不行的，会因为生命力枯竭而死，艾克斯的这一小块碎片开始分泌出一种奇怪的黏液，覆盖住整个碎片，黏液凝固后变得无比坚硬，但却异常鲜艳透明，如玛瑙宝石般……
地球文明毁灭殆尽，陈少华等守望者们决定重造人类，“救世主”号上有以前艾克斯采集来的各种生物基因样本，守望者们决定利用这些基因恢复地球的容貌。
其实，创造出现在这个魔法世界完全是意外。
守望者们制造出第一批人类后将其投放到了地球，可惜守望者们过于急躁，他们没这方面的经验，忘记在投放之前计算一下投放地点……
这批新人类的投放地是在美国当时为抵抗日戈尔失去理智投放过核弹后的的区域……
在核辐射的影响下，许多新人类死亡了，但有些却坚强的活了下来，不过却产生了一些变异，如有的身体变得异常的巨大，力量惊人，嗜血成性，而有的则异化出了上古文明歌德人才有的精神力，能控制元素。
这，就是魔族的原型！
守望者们发现了这一点，但他们不能为此便将其销毁，在于是创造了神族、魔族、人族、精灵等多个各有所长的种族互相抑制、共同生存、发展，其中，精灵族的居住地精灵之森的形成正是因为植物型生化人——苏菲娅的缘故，本身就是植物的苏菲娅，加上艾克斯赐予的强大精神力，苏菲娅很轻松的控制各种植物的成长，形成所需要的形态，这，就是精灵之森的容貌。
可惜的是，由于艾克斯与真·七圣兽的心灵连结一断，圣兽们的力量大幅度下降，只发挥不出原来的十分之一。
苏菲娅的诞生与生化兽其实是一个道理，从另一方面来将，苏菲娅也算是一只圣兽，与艾克斯也一直建立着心灵连结。
与艾克斯的心灵连结断开后，苏菲娅的力量下降了不说，没想到的是，外形也退化——下半身恢复成原形，莲花。
是的，苏菲娅是艾克斯以莲花为原形制造出来的。
直至后来，蒂娜去龙山与黑龙梅菲丽丝战斗，梅菲丽丝的血溅到了那颗“宝石”上，营养素极度丰富的龙血被艾克斯充分吸收……
而艾克斯却计算失误，他忘了考虑到，自己粉身碎骨后，幻灵之息也被打碎，散落到地球的各个角落，被某些人类吸收……
冰之女王希娃，正是因为感觉到蒂娜体内有自己很熟悉的气息，在艾克斯再生前，才甘愿做蒂娜的召唤兽。
不同于艾克斯，幻灵之息对其他人来将不再是封印，而是强大的力量来源，所以希娃能感觉得到。
由于艾克斯的失误，在没有幻灵之息替自己抑制日戈尔的意识反噬的情况下贸然对嗜血之神使用了“无间之念”这种对身体负担要求极大的力量，日戈尔基因开始反噬，为了不让自己变成纯粹的日戈尔，艾克斯将自己的全部精神力量与意识融合，模仿幻灵之息来抑制日戈尔的反噬。
由于艾克斯对幻灵的强烈思念，产生了一种类似幻灵本身的意识，加上幻灵之息在艾克斯体内还存在一小部分，这股潜意识附着在了仅存的幻灵之息上，形成了蒂娜所看见的幻灵。
艾克斯知道，幻灵之息替自己抑制着日戈尔基因也不是长久之计，每次进化，艾克斯都感觉到幻灵之息的抵制力就会削弱一层。
而以艾克斯潜意识形成的这个意识体，艾克斯感到，她和幻灵好像……都是那么的善良……那么的纯……
艾克斯也知道“她”不是真的幻灵，但却无法欺骗自己的感情——艾克斯爱“她”！
艾克斯发现，之所以日戈尔基因会反噬，是因为自己本身就是日戈尔生物，当然无法抵制，而幻灵之息可以抑制它，如果让身体的主控意识让给幻灵之息……
经过在意识海的无数次计算、试验，艾克斯发现这是可行的，艾克斯决定了……
※ ※ ※
幻灵的身体忽然发出眩目的七彩之光，并慢慢立着悬浮起来，漂在离地面几米高的地方。
蒂娜难以置信的望着着一幕，激动得说不出话。
“怎么回事，幻灵不是……”佣兵团的众人心里都这么想。
忽然，幻灵猛的将四肢一收缩，再猛的一张开，爆发出更加刺眼的彩光。
在场的人们都被刺得睁不开眼，但守望者们特制的观察镜使他们很容易看清幻灵的状况。
强光散去，翼展超过百米的二十支七彩巨翼微微扇动着，幻灵一上一下的悬浮在空中，头发是解封时的标志——银色。
难道艾克斯没消失？
一直闭着的双眼睁开了，那是幻灵的标志——银蓝色。
这，就是艾克斯与幻灵的完美结合，从此以后，不会在有日戈尔的反噬，这个新的生命体能随意使用所有力量，不用担心副作用。
“大人……”陈少华发话了，似乎想询问什么，“您……”
“我不是艾克斯，”新生命体打断了陈少华的话，“……也不是幻灵……”
“……”守望者们不语，不知这个拥有如此强大力量的家伙想怎么样，若是他像日戈尔一样，恐怕没人能阻止……
“……你们不用担心，”新生命体看出了守望者们的心思，“我知道自己是什么东西，有什么使命……毕竟……‘他’的记忆我全部拥有。”
“是！”闻此，陈少华放心了。
忽然，只见新生命体右手一挥，空间立刻出现一个黑洞，新生命体将手伸进洞里一阵抓舞，尽然从里面带出一个人来！
这个人在场许多人都认识，他正是这场追捕行动的计划着、蒂娜的父亲、赤月帝国皇帝——法兰克。
亚空间之手，新生命体经过这次融合、相当于一次高级进化后新拥有的技能，只要能感受到目标体的气，或只要知道对方的具体坐标，便能通过打破空间界限将对方带过来，从某方面来说，就是传送魔法的进化版，当然比传送魔法要高级得多。
“你……你……”法兰克被抓着脖子，说不出话，脸部因为血液不通的关系，越来越红。
不过法兰克却似乎忘了这个，他看者周围跪着的天使们，或悬浮，或立在地上的巨神兵，似乎明白了什么……
新生命体是艾克斯、日戈尔、幻灵三种人格的完全结合，此时对待法兰克的便是艾克斯那处事非常极端的人格——犯我者，杀无赦！
正当新生命体准备将法兰克的脖子拧碎时，他看到了幻灵的眼睛，那眼神透露出来的讯息明显是——别……
新生命体动摇了，同时也拥有幻灵记忆的她，与蒂娜等人相处的这些日子的记忆画面一一浮现在眼前，新生命体放下了手里的法兰克，将他仍到地上。
忽然，新生命体右手再次一挥，梅丹佐便无法反抗的被一股无形距离抬到了自己面前。
新生命体的右手手腕伸出几条乳白色的触须，将它们对准了梅丹佐……
梅丹佐知道自己的命运，闭上了眼……
白色触须瞬间刺入梅丹佐的胸口，但却又瞬即收了回来。
梅丹佐则是感到胸口一阵轻微的刺痛，但却没再发生什么，疑惑的睁开眼。
新生命体取消了对梅丹佐施加的念力，对她来说，取到基因便够了……
新生命体的手腕忽然伸出更多的触须，向着蒂娜所处的狼牙佣兵团伸去，并瞬间没入众人的体内。
片刻后，新生命体收回了触须，默默的注视着众人。
“你们现在已有了神族的力量……”良久，新生命体才说道，“这样，算是回报了你们照顾我的日子，两不相欠！”
“走吧！”新生命体抖了抖那巨大的彩翼，准备展翅高飞。
“大人……就这样放过他们吗……”陈少华忽然问道。
“你难道忘了吗……”新生命体平静的说道，“他们是重要的‘饵’……”
“……是……”小声回应，但心里却不能平静，“……还是这样吗……新生的大人还是准备牺牲地球吗……”
“等等！”蒂娜终于鼓足勇气，叫住了新生命体，“你是幻灵……还是艾克斯？”
“……我吗……”新生命体将头微微侧回了一点，“都不是……”
顿了顿，才接着说完了剩下的话：
“我是……忘记了名字的日戈尔！”
二十对巨大的彩翼一展，掀起强烈的气流，吹得众人站不住脚，而那些巨神兵们，也展开了他们各自巨大的金属翼，带着奇怪的火焰（推进器）瞬间，与创世神一起瞬间消失在茫茫天空中……
着就是所谓的人类，卑劣得连畜生也不如，为了一己私利，不择手段，幻灵在这个世界只存在了短短几十天，却经历了别人几十年也遇不到的痛苦。
而所谓的神族，平时就那样高高在上，可到了与自己利益相连的时候呢，与卑劣的人类没有两样，所谓的神爱世人只不过是一句空话，幻想而已，一切还是要靠自己，那才有保证，不要相信任何空谈。
生命的意义是什么，幻灵一直在追寻，对她来将，保护好地球就是自己存在的意义。
即使是艾克斯这种极端主义着，也有自己的追求目标，对他来将，幻灵的存在便是自己最大的生存意义。保护地球？那只不过是对幻灵的承诺，若幻灵在的话，他可没什